Ubisoft a anunțat că Assassin’s Creed Shadows va avea o manga prequel, dar aceasta va fi lansată inițial doar în Japonia. Manga va debuta pe 20 martie, odată cu jocul, urmând să apară mai târziu și în alte regiuni.
Manga va explora povestea unei tinere ucenice Asasin, care luptă împotriva creșterii influenței Templierilor în Japonia. Ubisoft nu a confirmat identitatea personajului principal, dar se știe că nu este Naoe, protagonista jocului. Posibil să fie mama ei, un mentor sau un personaj complet nou.
Lansarea Assassin’s Creed Shadows a fost afectată de controverse. Ubisoft și-a cerut scuze pentru inexactitățile istorice și utilizarea neautorizată a unui steag de reconstituire istorică. În plus, o statuie oficială a fost retrasă de la vânzare din cauza unui design considerat insensibil. Întârzierile repetate au crescut nerăbdarea fanilor.